論文993 の記録のページです。住所（YOI）は https://www.yamagishiyuuki.com/yoi/993 で、論文の本文は下の PDF にあります。ファイルは自分で用意した置き場所（https://yamagishi.sakuraweb.com）に置き、日付の証拠（.ots）を添えています。
本文はサイトの記事でも読めます（2026年10月17日 21:20 に公開します）。
日付の証拠（OpenTimestamps）：日本語版の .ots・英語版の .ots・SHA256SUMS
予備の置き場所（ミラー。中身は上と同じです）：PDF 日本語・PDF English・SHA256SUMS
住所：https://www.yamagishiyuuki.com/yoi/993・CC BY 4.0・プレプリント（査読を経ていません）・ORCID 0009-0006-8587-3450
引用するとき
山岸勇輝 (2026). 自殖は優性の変異が固定する確率を下げ、近交係数だけの模型とは向きが逆になる [論文993]. YOI: https://www.yamagishiyuuki.com/yoi/993
Yamagishi, Y. (2026). Selfing Lowers the Fixation of Dominant Mutations, the Opposite of What an Inbreeding-Coefficient Model Gives [Paper 993]. YOI: https://www.yamagishiyuuki.com/yoi/993
@misc{yamagishi2026yoi993,
author = {Yamagishi, Yuuki},
title = {Selfing Lowers the Fixation of Dominant Mutations, the Opposite of What an Inbreeding-Coefficient Model Gives},
year = {2026},
howpublished = {YOI: https://www.yamagishiyuuki.com/yoi/993},
note = {Preprint, edition 1}
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指紋（SHA-256）と確かめ方
13a230f8a6bea16373d2895f5ca0b07bb226d4a7bdce89f910be8ed024d94353 yamagishi_yoi993_v1_jp.pdf51df559f8922e97ca046c9f47b302e94bd8db79abfc17197b6bb3650cbdda19c yamagishi_yoi993_v1_en.pdfPDF と .ots を同じ場所に保存し、opentimestamps.org に .ots、続けて PDF を落とすと、記録された日時が表示されます。PDF が 1 バイトでも変わっていれば通りません。
日付の証拠（OpenTimestamps）
2026年10月1日に、2 本の PDF の指紋（SHA-256）をまとめて OpenTimestamps に送り、ビットコインのブロック 969451・969456・969461・969490 に記録されました（2026年10月01日 23:00（日本時間））。この .ots があれば、PDF がその時点で存在したことを、このサイトや運営者を信用しなくても、誰でも確かめられます。
書誌
| 題名 | 自殖は優性の変異が固定する確率を下げ、近交係数だけの模型とは向きが逆になる |
|---|---|
| Title | Selfing Lowers the Fixation of Dominant Mutations, the Opposite of What an Inbreeding-Coefficient Model Gives |
| 著者 | 山岸 勇輝 (Yuuki YAMAGISHI)・ORCID 0009-0006-8587-3450 |
| 所属 | 山岸複雑性トーラス研究所 (Yamagishi Complexity Torus Lab, Japan) |
| 版 | 第1版（2026年9月） |
| 言語 | 日本語・英語 |
| 種別 | プレプリント（査読を経ていません） |
| ライセンス | CC BY 4.0（出典を示せば、複製・再配布・改変ができます） |
| YOI | https://www.yamagishiyuuki.com/yoi/993 |
要旨
近交は劣性の変異が固定する確率を最も押し上げ、近交係数 1 では優性の度合いの差が消える（論文984）。そこでは近交係数を遺伝子型の割合にだけ入れ、写しの数の偶然の揺れは変えなかった。本稿は、50 個体の二倍体で子の一部を自殖で作り、遺伝子型ごとの数を多項分布で引く模型を遷移行列で厳密に解き、984 の近交係数の模型と比べる。新しい定理も法則も主張しない。
第一に、自殖は優性の変異が固定する確率を下げる。一つのヘテロ接合から始めた優性の変異は、自殖の割合 0 で $0.080004$、1 で $0.049281$ と、$\mathbf{0.615984}$ 倍に下がった。984 の模型では同じ範囲で $1.166348$ 倍に上がる（第2節）。
第二に、劣性の押し上げは、近交係数の模型より小さい。劣性の変異は $0.024597$ から $0.045052$ と $\mathbf{1.831588}$ 倍、984 の模型では $3.726468$ 倍だった。相加の変異は $0.982352$ 倍でほとんど動かなかった（第2節）。
第三に、自殖が多いほど、近交係数の模型は固定する確率を大きく出す。遺伝子型の模型÷984 の模型は、自殖 0 で $0.979811$〜$0.997453$、0.9 で $\mathbf{0.538466}$〜$0.567902$、1 で $0.481585$〜$0.526785$ だった（第3節）。
第四に、完全な自殖では、ホモ接合から始めると半数体と同じになる。一つのホモ接合から始めた変異の固定する確率は三つの優性の度合いとも $\mathbf{0.094116}$ で、50 個体の半数体の遷移行列の値と $10^{-9}$ 以内で一致した。一つのヘテロ接合からはその $0.478692$〜$0.523621$ 倍だった（第4節）。
第五に、分離子は、写しを一つずつ引くか、個体ごとに引くか。984 の模型は写し 100 個を一つずつ引き、近交は遺伝子型の割合だけを変えた。個体ごとに引く模型では、自殖の個体の二つの写しが一緒に次の世代へ入る。二つの模型で向きが分かれたのは優性の変異だった（第5節）。
キーワード：自殖、近交係数、優性、固定する確率、遺伝子型、集団遺伝学
Abstract
Inbreeding lifts recessive fixation most, and at inbreeding coefficient 1 dominance stops mattering (Paper 984). There the inbreeding coefficient entered only the genotype frequencies, and the chance fluctuation in the number of copies was not changed.For a diploid population of 50 individuals with some offspring made by selfing, this paper solves exactly by the transition matrix a model that draws genotype counts from a multinomial, and compares it with the inbreeding-coefficient model of Paper 984.No new theorem or law is claimed.
First, selfing lowers the fixation probability of dominant mutations: a dominant mutation starting in one heterozygote fixed with $0.080004$ at selfing rate 0 and $0.049281$ at 1, falling to $\mathbf{0.615984}$ times. In the model of Paper 984 it rises $1.166348$ times over the same range (Section 2).
Second, the lift for recessive mutations is smaller than in the inbreeding-coefficient model: recessive mutations went from $0.024597$ to $0.045052$, $\mathbf{1.831588}$ times, against $3.726468$ times in the model of Paper 984. Additive mutations hardly moved at $0.982352$ times (Section 2).
Third, the more selfing, the more the inbreeding-coefficient model overstates fixation: the genotype model over the model of Paper 984 was $0.979811$ to $0.997453$ at selfing rate 0, $\mathbf{0.538466}$ to $0.567902$ at 0.9 and $0.481585$ to $0.526785$ at 1 (Section 3).
Fourth, under full selfing, starting in a homozygote matches the haploid value: a mutation starting in one homozygote fixed with $\mathbf{0.094116}$ for all three degrees of dominance, agreeing within $10^{-9}$ with the transition matrix for 50 haploid individuals. Starting in one heterozygote gave $0.478692$ to $0.523621$ times that (Section 4).
Fifth, the separator is whether copies are drawn one at a time or individuals are drawn whole: the model of Paper 984 draws 100 copies one at a time, with inbreeding changing only genotype frequencies. In the model drawing individuals, the two copies of a selfed individual enter the next generation together. The direction split between the two models for dominant mutations (Section 5).
Keywords: selfing, inbreeding coefficient, dominance, fixation probability, genotype, population genetics
版の記録
ここの PDF（倉庫の v1）は第1版（2026年9月）の原稿から作りました。ファイルは版ごとに分けて置いています（/yoi/993/v1/ の下）。中身を直すときは、このファイルを書き換えず、新しい版を足します（住所 https://www.yamagishiyuuki.com/yoi/993 はいつも最新の版を指します）。